根据试验研究发现，好氧处理中的活性污泥在厌氧—好氧过程中，原生动物等生物相不发生变化，只有异养型生物相中的小型革兰氏阴性储短杆菌——俗称为聚磷菌会大量繁殖，它虽是好氧菌，但竞争能力很差，然而却能在细胞内贮存聚β (PHB)和聚合磷酸盐(Poly-p)。在厌氧—好氧过程中，聚磷菌在厌氧池中为优势菌种，构成了活性污泥絮体的主体，它吸收低分子的有机物（如脂肪酸），同时将贮存在细胞中聚合磷酸盐（Poly-p）中的磷通过水解而释放出来，并提供必需的能量。而在随后的好氧池中，聚磷菌所吸收的有机物将被氧化分解，并提供能量，同时能从污水中变本加厉地、过量地摄取磷，在数量上远远超过其细胞合成所需的磷量，将磷以聚合磷酸盐的形式储藏在菌体内而形成高磷污泥，并且通过剩余污泥系统排出，因而可获得相当好的除磷效果，其生物除磷基本原理如图1 所示。

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